Η αρχική ιδέα για την εγκαθίδρυση μιας Εθνικής Βιβλιοθήκης ανήκε στον φιλέλληνα Ιωάννη Ιάκωβο Μάγερ (Johann Jakob Mayer), σε ένα άρθρο τον Αύγουστο του 1824 στην εφημερίδα του Ελληνικά Χρονικά, που εκδιδόταν στο Μεσολόγγι, από όπου Μάγερ και Λόρδος Βύρων προωθούσαν την Ελληνική ανεξαρτησία. Η ιδέα του Μάγιερ εφαρμόστηκε το 1829 από το νέο κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος ομαδοποίησε την Εθνική Βιβλιοθήκη μαζί με άλλα πνευματικά ιδρύματα όπως σχολεία, εθνικά μουσεία, και τυπογραφεία. Όλα αυτά βρισκόταν αρχικά σε ένα κτίριο (το οποίο στη συνέχεια έγινε ορφανοτροφείο) στην Αίγινα και επιμελούνταν από τον Ανδρέα Μουστοξύδη, ο οποίος έγινε πρόεδρος της επιτροπής του Ορφανοτροφείου, διευθυντής του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου Αθηνών και διευθυντής του Δημόσιου Εκπαιδευτηρίου.
Το επιβλητικό Ορφανοτροφείο της Αίγινας κατασκευάσθηκε από τον Ι. Καποδίστρια με αρχικό σκοπό να στεγάσει και να εκπαιδεύσει όσα ορφανά παιδιά των αγωνιστών του ’21 είχαν διασωθεί στο νησί και θερίζονταν από τις στερήσεις και τις επιδημίες. Αποτελεί το σπουδαιότερο δείγμα τις υλοποίησης του οράματος του Κυβερνήτη για την νεότερη Ελλάδα και το λαό της.
Στις 8/10/1828 θεμελιώθηκε το κτίριο του Ορφανοτροφείου σε οικόπεδο που παραχώρησε η Δημογεροντία της Αίγινας. Καταλαμβάνει έκταση 12 στρεμμάτων. Την επίβλεψη της κατασκευής ανέλαβαν ο Θεόδωρος Βαλλιάνος και ο Δημήτριος Σταυρίδης, ενώ μεγάλο μέρος της δαπάνης ανέλαβαν να καλύψουν εισφορές Ελλήνων και Φιλελλήνων του εξωτερικού, παράλληλα με το Εθνικό Ταμείο. Κατασκευάσθηκε σε πολύ σύντομο χρόνο με πέτρες από τα αρχαία τείχη και το αρχαίο θέατρο της Αίγινας που θυσιάστηκαν για να σωθούν τα ορφανά του αγώνα.
Οι πολίτες της Αίγινας πρόσφεραν έκσταση 55 στρεμμάτων μπροστά στην οικοδομή κατάλληλη για κήπο ο οποίος θα χρησιμοποιείτο από το Ορφανοτροφείο.
Τα εγκαίνια του τεράστιου και μεγαλοπρεπούς -για την εποχή εκείνη- κτιρίου έγιναν στις 6 Απριλίου 1829, παρουσία του Κυβερνήτη, των Υπουργών και μελών της Κυβερνήσεως και σύσσωμου του λαού. Πάνω από την κεντρική πύλη είχε τοποθετηθεί επιγραφή:
Ο ΚΥΒΕΡΝΗΤΗΣ
ΤΟ ΟΡΦΑΝΟΤΡΟΦΕΙΟ ΤΟΔΕ ΑΝΗΓΕΙΡΕ
ΕΝ ΕΤΕΙ ΧΗΗΗΗΔΔΙΙ( 1828)
Το ορφανοτροφείο βέβαια δεν χρησιμοποιήθηκε μόνο για την στέγαση των ορφανών. Λόγω του μεγέθους του αλλά και λόγω έλλειψης στέγης, λειτούργησαν εκεί:
- Αλληλοδιδακτικά Σχολεία
- Επαγγελματικά εργαστήρια εκμάθησης τεχνών ( οικοδόμοι- ξυλουργοί, υποδηματοποιοί, ωρολογοποιοί, ράπτες, βιβλιοδέτες κ.λπ.)
- Η Δημόσια Εθνική Βιβλιοθήκη
- Το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο
- Η Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων
- Το Εθνικό Τυπογραφείο –λιθογραφείο – βιβλιοδετείο
- Το Εθνικό Ωδείο Χορωδία και Ορχήστρα
- Από το 1880 περίπου χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή ποινικών και τον 20 αιώνα και πολιτικών κρατουμένων (Εμφύλιος, Χούντα) έως το 1984.
- Στην συνέχεια στέγασε για μερικά χρόνια το πιλοτικό σχέδιο νοσηλείας και διάσωσης της άγριας ζωής ΕΚΠΑΖ, που σήμερα διαθέτει δικές του εγκαταστάσεις στην Αίγινα ύστερα από ευρωπαϊκή χρηματοδότηση.
- Σήμερα το κτίριο τελεί υπό την αιγίδα του Υπουργείου Πολιτισμού το οποίο έχει φροντίσει για την επισκευή του, μέσα από ευρωπαϊκή χρηματοδότησή, με σκοπό την χρησιμοποίηση του ως διαχρονικό μουσείο της Ιστορίας και του Πολιτισμού της Αίγινας
Μια αναδρομή σε ένα μεγάλο έργο πνοής, που τέλειωσε άδοξα, όπως και η εποχή του Καποδίστρια.
Από τις 9 Μαρτίου 1829 μεταφέρθηκαν στο κτήριο τα πρώτα 500 ορφανά, από τα οποία 160 εφιλοξενούτο στο Μοναστήρι του Πόρου, και άλλα 250 από το Ναύπλιο. Ανάμεσά τους και αυτά από το Μεσολόγγι, που εξαγοράστηκαν από τα σκλαβοπάζαρα της Αιγύπτου
Στο τέλος του 1830, η βιβλιοθήκη, την οποία ο Μουστοξύδης ονόμασε Εθνική Βιβλιοθήκη, διέθετε 1.018 τόμους εκτυπωμένων βιβλίων, τα οποία είχαν συλλεχθεί από Έλληνες και φιλέλληνες. Το 1834, η Βιβλιοθήκη μεταφέρθηκε στην Αθήνα, τη νέα πρωτεύουσα, και αρχικά στεγαζόταν προσωρινά στα δημόσια λουτρά στη Ρωμαϊκή Αγορά και αργότερα στην εκκλησία του Αγίου Ελευθερίου, έπειτα στη Μητρόπολη και σε άλλα σημαντικά κτίρια.
Με ψήφισμα στις 20 Οκτωβρίου ιδρύεται Εθνικό Μουσείο για τη συγκέντρωση των αρχαιοτήτων και τη διάσωσή τους από τους αρχαιοκαπήλους, ντόπιους και ξένους, ενώ τα πρώτα ευρήματα στεγάζονται σε ιδιαίτερη αίθουσα του Ορφανοτροφείου.
Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια και τη συνακόλουθη παραίτηση του Μουστοξύδη, η λειτουργία και το έργο του Ορφανοτροφείου παρουσιάζουν φθίνουσα πορεία, δεδομένης και της ανόδου της Αθήνας, ως νέας πρωτεύουσας της χώρας, και της εκεί συγκέντρωσης των πνευματικών, πολιτιστικών και εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων.
Το 1829 λειτούργησε για πρώτη φορά η Στρατιωτική Σχολή, που θα αποτελούσε τον «λόχο των Ευελπίδων». Μετά ολιγοετή μεταφορά της στο Ναύπλιο, επανήλθε στην Αίγινα, επί Όθωνα μέχρι το 1837, και κατόπιν οριστικά στον Πειραιά. Μαζί και οι πρώτοι Ναυτικοί Ευέλπιδες, παιδιά κυρίως ναυτικών αγωνιστών του 1821.
Οι πληροφορίες είναι λιγοστές για τα επόμενα χρόνια. Γνωρίζουμε ότι έγινε στρατώνας διαθεσίμων και το 1842 λειτούργησε ως Λοιμοκαθαρτήριο και ως Φρενοκομείο το 1860. Στα 1866-69 φιλοξένησε πρόσφυγες του Κρητικού Αγώνα
Η είσοδος του Αναρρωτήριου
Αργότερα ο Παντελής Λογιωτατίδης φρόντισε να επισκευασθεί το κτίριο και να μετατραπεί σε φυλακή για να μη ρημάξει. Οι πρώτοι 15 κρατούμενοι μεταφέρθηκαν το 1880.
Η είσοδος με την ιστορική επιγραφή, που παρέμεινε και είσοδος των Φυλακών
Κάπως έτσι είναι σήμερα ένα από τα πιο ιστορικά κτήρια του Ελληνικού κράτους
Αττικη Γη 